清滝宮拝殿は、上醍醐寺務所の西北にあります。四方に縁を巡らし、一部に蔀戸（しとみど・ひよけの意）を入れた、寝殿造風の建築です。
寛治2年（1088）に建立、永享6年（1434）に再建されました。
○薬師堂（やくしどう）
薬師堂は、延喜7年（907）に理源大師（聖宝）によって建立されました。現存の堂は保安2年（1121）の再建。堂内は土間であり、内陣桝組間のくりぬき式蟇股（かえるまた）は、天下の三蟇股の一つと言われています。
○准胝堂（じゅんていどう）
准胝堂は、如意輪堂とともに、理源大師（聖宝）により貞観18年（876）に建立、西国三十三所観音霊場第十一番札所です。昭和43年（1968）に再建されましたが、平成20年8月24日に落雷が原因で焼失しました。納経・納札・朱印は、下醍醐の女人堂で行なっています。
以下、如意輪堂、開山堂、五大堂に続く・・・
※地図赤印は清滝宮拝殿